インドネシアの国内移動は、Lion Air（ライオン航空）がお勧め。

ライオン航空は、インターネットのHPから予約が可能でお勧めです。
ガルーダインドネシア航空よりも、料金がかなり安いのもグッド。
決済は、2日前までなら、日本のクレジットカード（三井住友VISA）で問題ありませんでした。
デビットカードだと、2日を切っていても予約出来るようです。
予約完了後10分くらいで、Eチケットがメールで送られて来るので安心です。
当日は、プリントアウトしたEチケットと使用したクレジットカードを提出すればokです。

Jakarta-Medan, Bengkulu-Jogjakarta、Denpasar-Menadoを利用しましたが、乗り換えなどがあっても、ロストバゲージなどのトラブルは無かったです。